Испания, 1944 год. Группа повстанцев сражается с фашистами в горных лесах северной Наварры. Офелия — 10-летняя одинокая и мечтательная девочка — переезжает со своей беременной матерью Кармен в военный лагерь отчима капитана Видаля. Видаль — высокомерный и жестокий офицер армии Франко, который должен очистить район от повстанцев любой ценой. Офелия, увлеченная волшебными сказками, обнаруживает старинный заброшенный лабиринт неподалеку от дома.

Фея проводит ее в центр лабиринта, где она встречает Фавна, хозяина подземелья. Фавн утверждает, что знает её истинную судьбу и её тайное предназначение. Оказывается Офелия — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую многие века разыскивает ее отец. Фавн предлагает ей возможность вернуться в волшебное королевство. Но для начала она должна пройти три испытания до наступления полнолуния. Никто не должен узнать об этом.

Время на исходе — как для Офелии, так и для отряда повстанцев. Всем придется противостоять трудностям и жестокости на пути к свободе.

После недельного проката фильма в Мексике, кинотеатры были вынуждены помещать на постеры фильма надписи, предупреждающие о насилии в фильме, чтобы родители не допускали к сеансу своих маленьких детей.
На Каннском кинофестивале этот фильм наградили 22-х минутными аплодисментами.
В 2007 году фильм стал одним из немногих фильмов-фэнтези за всю историю проведения церемонии Оскар, представленным в номинации лучший фильм на иностранном языке.
Фильм был запрещен к показу в Малайзии, как не прошедший цензуру из-за сцен, содержащих насилие.
Разрушенный город, показанный в начале фильма, на самом деле называется Бельчите. В нем также проходили съемки картины Терри Гиллиама «Приключения барона Мюнхаузена» (1988). Бельчите был разрушен во время гражданской войны в Испании и с тех пор никогда не реконструировался.
Гильермо Дель Торо известен тем, что ведет книжки, в которых помечает свои идеи в виде рисунков и заметок для последующего их воплощения в фильмах. Однажды он оставил книжку с идеями к «Лабиринту Фавна», которую он создавал годами, на заднем сидении такси и думал, что проект похоронен. Но когда шофер нашел эту книжку, он сразу понял, насколько она важна для режиссера и разыскал Гильермо, чтобы вернуть тому записи. Дель Торо был убежден, что это небесное благословение и в полной решительности завершил съемки ленты.
Даг Джонс был единственным американцем, задействованным на съемочной площадке и единственным, кто совершенно не говорил по-испански.
Дагу Джонсу приходилось зазубривать не только свои реплики на испанском (на языке, котором он абсолютно не говорит), но также и реплики Офелии, чтобы знать когда произносить свои следующие слова.
Ноги фавна не были созданы на компьютере. Находка Гильермо Дель Торо заключалась в том, что настоящие ноги актера, удаленные в цифровом режиме, заменяли кукольные.
Ивана Бакеро, исполнительница роли девочки, была слишком взрослой для исполнения своего персонажа, изначально созданного 8-летней девочкой. Но Дель Торо настолько вдохновился ее игрой, что решил приспособить сценарий для 11 летней актрисы.
Актёру Дагу Джоунсу требовалось четыре часа, чтобы забраться в костюм Бледного Человека. Смотреть Джоунсу приходилось через носовые отверстия своего героя, так как на лице персонажа нет глаз.
В одном из интервью Гильермо Дель Торо намекнул, что по его замыслу и Бледный Человек, и Жаба — это воплощения Фавна, который проводит Офелию через череду испытаний для выявления её нравственной цельности. Намёком на это обстоятельство в фильме является то, что в финале сказочной части появляются все три феи, две из которых якобы погибли от рук Бледного Человека.